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嘉峪檢測網 2022-08-27 06:00
做實驗的小伙伴們都知道,與 DNA 相比,RNA 是極其脆弱的。這是由于 RNA 自身的不穩定性及 RNase 的穩定存在,使得 RNA 極易被分解。另外,與動物組織和培養細胞相比,植物組織的 RNA 更難提取。在完整的細胞內,上述物質與核酸是分離的;但在提取過程中細胞破裂,各種物質混雜在一起,容易干擾 RNA 的提取效果。接下來跟小編一起來看看RNA提取的正確操作吧~
1、使用正確的細胞或組織儲存條件
在樣品用液氮瞬間凍結之后,應該儲存在-80°C,千萬不能解凍。即使是置于含有胍鹽的裂解液中作勻漿前的短暫解凍,也會導致RNA的降解和損失。瞬間凍結的組織應該首先在超低溫條件下先研磨成粉,然后置于裂解液中進行勻漿。
RNAfixer使樣品儲存更為便利。儲存在RNAfixer中的細胞或組織可在室溫下穩定保存長達1個星期,在4°C可穩定保存長達1個月,或永久保存在-20°C。
2、消除環境RNase的污染
為了得到完整的、高品質RNA,在整個RNA制備過程中,當RNA離開強蛋白變性劑(如離液裂解液或酚)的保護時,避免引入新的RNase污染就非常關鍵。由于RNase幾乎是無所不在,所以必須確保與純化的RNA接觸的每一樣東西都是無RNase污染的。所有的表面,包括移液器、工作臺、玻璃器皿和制膠設備,都必須用表面去污凈化溶液如RNase噴霧清除劑 來處理過,去除各種溶液或者反應緩沖液中可能存在的RNase污染,可以用RNAsafe。必須保證一直使用無RNase的槍頭、試管和溶液,手套也應經常更換。
3、迅速滅活內源的RNA酶,以防止RNA降解
以下3個方法均可有效使內源RNA酶失活:
1)用含離液(如胍鹽)的細胞裂解液收獲樣品,并立即勻漿。
2)用液氮瞬間凍結樣品。值得特別注意的是:組織塊必須保證足夠小,在浸入液氮的瞬間就能凍結,以確保瞬間令RNA酶失活。
3)立即將樣品置于RNAfixer無液氮RNA樣品儲存液中。它是一種水相、無毒的收集試劑,能立即穩定并保護完整、未凍結的組織和細胞樣品中的RNA。關鍵要點是組織樣品切片一定要夠?。?lt;0.5 cm),這樣RNAfixer才能在RNase破壞RNA之前迅速滲入組織塊中。
4、選擇合適破壁方法
細胞或組織的徹底勻漿對RNA提取來說,是一個很關鍵的步驟,它能夠防止RNA的損失和降解。勻漿的方法應根據細胞或組織的類型來選擇。大部分培養的細胞可以置于細胞裂解液中,通過簡單的渦旋震蕩來勻漿;而動物組織、植物組織、酵母和細菌、真菌則常常需要更加劇烈的方法,通常用液氮研磨。比如說細菌(特別是革蘭氏陽性菌)的細胞壁,就需要溶菌酶消化來實現徹底的細胞裂解和RNA的最大回收,酵母提取時加入破壁酶幫助破壁,再用TRIpure或RNApure進行提取。
5、不同材料如何選擇最適RNA提取試劑
現有眾多的RNA分離方法也許令人難以取舍。目前最簡單也是最安全的方法是柱式分離,如RNApure 因為操作簡單,時間短,純度高而受到大家的喜愛,RNApure不需要DNA酶消化DNA,節省了時間,避免RNA的降解,從而提高了產量;相對非柱式分離(如TRIzol),去除蛋白及其他雜質干凈,提高了純度,對于細胞、組織、一般植物均非常適合。植物RNA的提取比較難抉擇,植物RNA提取受酚、多糖、蛋白雜質、次生代謝物含量的影響,一般用TRIzol提取純度不高,而且很多植物用TRIzol提取不出來。
這時候可以選擇多糖多酚植物總RNA提取試劑盒(水仙、辣椒、胡蘿卜、玉米、百合、小麥、西紅柿、花菜、油菜等)和通用植物RNA提取試劑盒(適合絕大多數植物提取,包括:各種中草藥、植物種子、蘋果、葡萄、草莓、香蕉、龍眼、荔枝、草坪植物、松樹、杉樹、白樺、紫松果、彩葉草、一品紅、夾竹桃、垂葉榕、紫羅蘭、月季、天竺藍、牽?;ǖ龋?;非常值得一提的是血液(包括血清、血漿、腦脊液、各種拭子或其他液體含量高的樣本)RNA的提取用TRIzol和紅細胞裂解的方法效果都不好,因為紅細胞裂解液不含有RNA酶的抑制成分,這個過程RNA很容易降解,推薦使用TRIpure LS (RP1101)或者血液總RNA提取試劑盒(RP4001),該方法適用于表達譜芯片實驗中RNA的提取,并成為博奧生物芯片北京國家工程研究中心的推薦方法:
6、低濃度RNA的沉淀
純化得到的RNA可能需要通過沉淀來濃縮,以滿足一些下游應用的需要。醋酸銨(NH4OAc) 沉淀(加0.1體積的5M 醋酸銨、2-2.5體積的無水乙醇,-20°C放置25分鐘以上)可以很好地回收RNA。如果需要定量回收低濃度的RNA(ng/ml),可以采用共沉淀(如linear acrylamide糖原glycogen,、酵母yeast RNA )的方法。核酸助沉劑是linear acrylamide,當RNA用于RT-PCR分析時,線性的丙烯酰胺和DNase處理的糖原都可以作為理想的共沉淀劑,因為它們都不含DNA污染,糖原含量高會抑制PCR反應,應注意控制濃度,核酸助沉劑對PCR無影響,成為病毒核酸提取的首選。酵母RNA和未處理的糖原會給樣品帶來核酸污染,有可能影響RT-PCR的結果。沉淀后,注意避免RNA沉淀過分干燥,因為這可能導致很難重新溶解。
7、提取好的RNA如何儲存
如果只是短期儲存,重懸的RNA應放置于-20°C;如果是長期儲存的話,就應該放置于-80°C。儲存RNA時,可以加入少量的RNA酶抑制劑(RP5601),避免RNA的降解,RNA可以直接做下游實驗。如果要長期保存RNA,可以加入RNAlong。我們推薦將RNA溶液分裝在幾支管中。這會避免反復凍融損傷RNA,并預防偶然的RNase污染。
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